El nuevo concurso incluye también el mantenimiento y una "reestructuración" del Sistema lntegral de Historia Clínica Electrónica de Atención Primaria centralizado ( AP-MADRID), de forma que "pasa a ser una aplicación modularizada y cuyas funciones puedan ser reutilizables e integrables en distintos sistemas" , una Oficina de Gobernanza que controle tanto las actividades y tareas de este contrato como los costes de aplicaciones de otros proveedores, una Oficina de Calidad del software, un Centro de Bussiness Inteligence.
Como notable novedad se incorpora el diseño de un Plan de Racionalización de Aplicaciones Informáticas de los centros hospitalarios, (es decir desarrolladas o gestionadas desde los servicios de los hospitales) "de forma similar al realizado en el proceso de unificación de áreas de Atención Primaria" (que concluyó con la elección de un número muy reducido de sus aplicaciones que fueron centralizadas en su totalidad en los sistemas informáticos de los SSCC de administración y operación totalmente externalizada, continuando en la actualidad el personal informático propio que los había desarrollado relacionado con el desarrollo y el proyecto por el momento).